A febre hemorrágica da Crimeia é diferenciada de outras febres hemorrágicas, gripe, leptospirose, meningococcemia, febre tifoide, doenças cirúrgicas com a síndrome de "abdome agudo"; bem como da púrpura trombocitopênica (doença de Werlhof) com início subagudo característico, ausência de reação à temperatura, erupção cutânea hemorrágica de pequenas petéquias a grandes equimoses nas superfícies flexoras dos membros, tronco, sangramentos nasais frequentes e outros sangramentos, anemia hipocrômica, leucocitose, trombocitopenia e ausência de alterações no sistema cardiovascular.