Na maioria das vezes, a colite pseudomembranosa se desenvolve sob a influência do uso prolongado de antibióticos como ampicilina, lincomicina, clindamicina, cefalosporinas e, menos frequentemente, penicilina, eritromicina, cloranfenicol e tetraciclina. O Clostridium difficile é um bacilo anaeróbico gram-positivo formador de esporos, capaz de produzir dois tipos de exotoxinas: toxina A e toxina B. Existem quatro causas principais de colite pseudomembranosa associada ao C. difficile.