Em caso de infecção congênita por citomegalovírus, a natureza do dano fetal depende do período de infecção. A infecção aguda por citomegalovírus na mãe nas primeiras 20 semanas de gestação pode levar a patologias fetais graves, que resultam em aborto espontâneo, morte fetal intrauterina, natimorto e defeitos congênitos, na maioria dos casos incompatíveis com a vida. Em caso de infecção por citomegalovírus nos estágios finais da gestação, o prognóstico para a vida e o desenvolvimento normal da criança é mais favorável.