A detecção do patógeno é de crucial importância para a confirmação do diagnóstico de pneumocistose. O principal material para o estudo é escarro, secreções brônquicas, lavados obtidos durante lavagem brônquica ou broncoalveolar, e fragmentos de tecido pulmonar coletados durante biópsia transbrônquica, percutânea ou aberta. Na maioria das vezes, devido à gravidade do paciente, essas manipulações não são realizadas para evitar complicações.