A neutropenia aloimune, ou isoimune, em recém-nascidos ocorre no feto devido à incompatibilidade antigênica dos neutrófilos do feto e da mãe. Os isoanticorpos da mãe pertencem à classe IgG, penetram a barreira placentária e destroem os neutrófilos da criança. Os isoanticorpos são geralmente leucoaglutininas e reagem com as células do paciente e do pai, não reagindo com as células da mãe.